Nagroda za „Mapowanie genetyczne w Polyploids”

0
mikroskop

8 kwietnia podczas konferencji EPS w Lunteren, dr Peter Bourke z Plant Breeding otrzymał nagrodę za pracę doktorską pt. „Mapowanie genetyczne w polyploids”.

Jest to wyróżnienie Hugo de Vries od Królewskiego Towarzystwa Botanicznego w Holandii (KNBV).

Polipoidy

Teza, z dziewięcioma rozdziałami eksperymentalnymi, opisuje jego pracę nad opracowaniem narzędzi do mapowania genetycznego w uprawach poliploidalnych. Wchodziła w skład konsorcjum finansowanego przez TKI Topsector, w którym uczestniczyło dwanaście firm.

Polyploids to duża i różnorodna grupa organizmów, które charakteryzują się posiadaniem więcej niż dwóch kopii każdego chromosomu. Znane uprawy, takie jak ziemniaki, pszenica, bawełna, kawa, trzcina cukrowa, róża i truskawka, należą do kategorii „polyploid” i wiele innych. Pomimo ich znaczenia rolniczego i gospodarczego, poliploidy pozostały względnie nienaruszone przez zastosowanie technologii genotypowania, głównie ze względu na napotkane trudności przy stosowaniu technologii genotypowania na materiale, dla którego nie zostały zaprojektowane, ale także dlatego, że sensowne jest zrozumienie generowanych danych, ponieważ poliploidy mogą przenosić wiele różnych alleli dla jednego genu.

Nowa metodologia

Dzięki nowej metodologii, która została zaimplementowana w pakietach oprogramowania, obecnie możliwe jest dokładne oszacowanie danych genotypowania dla poliploidów o dowolnej liczbie kopii (od triploidów (3x) i tetraploidów (4x), do bardziej złożonych heksaploidów (6x) i oktoploidów (8x)). Po wygenerowaniu i ocenie danych dotyczących, markerów można je wykorzystać w analizie genetycznej kluczowych cech rolniczych, pomagając w identyfikacji markerów zlokalizowanych blisko genów, będących przedmiotem zainteresowania hodowców. Jednym z kluczowych mostków między markerami a cechami są mapy genetyczne (zwane również mapami powiązań), umożliwiające hodowcy wykreślenie położenia genów zamiast wybierania samych markerów. Poliploidalne mapy połączeń zostały już wygenerowane dla ziemniaków (4x), róży (4x), chryzantemy (6x), kiwi (w tym przypadku 4x) i borówki (4x). Tetraploidalne mapy róż zostały już wykorzystane do sekwencji genomu róży.

Nagroda przyznawana jest za badania Petera Bourke nad tym bardzo złożonym tematem, który obejmuje dwa pakiety oprogramowania, jeden do mapowania powiązań i jeden do mapowania QTL w populacjach krzyżowych poliploidów. Wygłosił wykłady na temat mapowania powiązań i genetyki poliploidów w Hogeschool Arnhem Nijmegen oraz na kursie hodowli roślin w LaSalle we francuskim Beauvais oraz wygłaszał prezentacje ustne podczas konferencji Plant & Animal Genome w San Diego w 2016 i 2019 roku.

Nagroda Hugo de Vries to roczne wsparcie 5000 euro za najlepszy doktorat związany z botaniką. Nagroda jest wspólną inicjatywą zarówno Royal Botanical Society, jak i Hugo de Vries Foundation.

ZOSTAW ODPOWIEDŹ

Please enter your comment!
Please enter your name here